一般來說，綠色食品的開發(fā)管理體系應包括四個基本部分：嚴密的質(zhì)量標準體系、全程質(zhì)量控制措施、網(wǎng)絡化的組織系統(tǒng)、規(guī)范化的管理方式。

　　１、嚴密的質(zhì)量標準體系。綠色食品產(chǎn)地環(huán)境質(zhì)量標準、生產(chǎn)技術標準、產(chǎn)品標準、產(chǎn)品包裝標準和儲藏、運輸標準構成了綠色食品一個完整的質(zhì)量標準體系。

　　綠色食品產(chǎn)地環(huán)境質(zhì)量標準要求綠色食品初級產(chǎn)品和加工產(chǎn)品主要原料的產(chǎn)地，其生長區(qū)域內(nèi)沒有工業(yè)企業(yè)的直接污染，水域上游和上風口沒有污染源對該地區(qū)域直接構成污染威脅，從而使產(chǎn)地區(qū)域內(nèi)大氣、土壤、水體等生態(tài)因子符合綠色食品產(chǎn)地生態(tài)環(huán)境質(zhì)量標準，并有一套保證措施，確保該區(qū)域在今后的生產(chǎn)過程中環(huán)境質(zhì)量不下降。

　　綠色食品生產(chǎn)技術標準指綠色食品種植、養(yǎng)殖和食品加工各個環(huán)節(jié)必須遵循的技術規(guī)范。該標準的核心內(nèi)容是：在總結各地作物種植、畜禽飼養(yǎng)、水產(chǎn)養(yǎng)殖和食品加工等生產(chǎn)技術和經(jīng)驗的基礎上，按照綠色食品生產(chǎn)資料使用準則要求，指導綠色食品生產(chǎn)者進行生產(chǎn)和加工活動。

　　綠色食品最終產(chǎn)品必須由定點的食品監(jiān)測機構依據(jù)綠色食品產(chǎn)品標準檢測合格。綠色食品產(chǎn)品標準是以國家標準為基礎，參照國際標準和國外先進技術制定的，其突出特點是產(chǎn)品的衛(wèi)生指標高于國家現(xiàn)行標準。

　　綠色食品產(chǎn)品包裝標準規(guī)定了產(chǎn)品包裝必須遵循的原則、包裝材料的選擇、包裝標識內(nèi)容等要求，目的是防止產(chǎn)品遭受污染，資源過度浪費，并促進產(chǎn)品銷售，保護廣大消費者的利益，同時有利于樹立綠色食品產(chǎn)品整體形象。

　　２、全程質(zhì)量控制措施。綠色食品生產(chǎn)實施"從土地到餐桌"全程質(zhì)量控制，以保證產(chǎn)品的整體質(zhì)量。在綠色食品開發(fā)過程中，生產(chǎn)前由定點環(huán)境檢測機構對綠色食品產(chǎn)地環(huán)境質(zhì)量進行監(jiān)測和評價，以保證生產(chǎn)地域沒有遭受污染；生產(chǎn)過程中，由委托管理機構派檢查員檢查生產(chǎn)者是否按照綠色食品生產(chǎn)技術標準進行生產(chǎn)，檢查生產(chǎn)企業(yè)的生產(chǎn)資料購買、使用情況，以證明生產(chǎn)行為對產(chǎn)品質(zhì)量和產(chǎn)地環(huán)境質(zhì)量是有益的；產(chǎn)后由定點產(chǎn)品監(jiān)測機構對最終產(chǎn)品進行監(jiān)測，確保最終產(chǎn)品質(zhì)量。

　　３、科學、規(guī)范的管理手段。中國綠色食品實行統(tǒng)一、規(guī)范的標志管理，即通過對合乎特定標準的產(chǎn)品發(fā)放特定的標志，用以證明產(chǎn)品的特定身份以及與一般同類產(chǎn)品的區(qū)別。從形式上看，綠色食品標志管理是一種質(zhì)量認證行為，但綠色食品標志是在國家工商行政管理局注冊的一個商標，受《中華人民共和國商標法》嚴格保護，在具體運作上完全按商標性質(zhì)處理。因此，綠色食品在認定的過程中是質(zhì)量認證行為，在認定后是商標管理行為，也就是說，綠色食品標志管理實現(xiàn)了質(zhì)量認證和商標管理的結合。實現(xiàn)這個結合既使綠色食品的認定具備產(chǎn)品質(zhì)量認證的嚴格性和權威性，又具備商標使用的法律地位。實施綠色食品標志管理不僅可以有效地規(guī)范企業(yè)的生產(chǎn)和流通行為，而且有利于保護廣大消費者的權益；不僅可以有效地促進企業(yè)爭創(chuàng)名牌，開拓市場，而且有利于綠色食品產(chǎn)業(yè)化發(fā)展。從另一個角度來看，綠色食品標志的商標注冊和規(guī)范使用，使綠色食品具有了可識別性。其經(jīng)濟學意義在于：一方面，可識別性使綠色食品再生產(chǎn)過程的內(nèi)在價值得以體現(xiàn)；另一方面，可識別性使綠色食品再生產(chǎn)過程的內(nèi)在特征外在化，從而為綠色食品逐步發(fā)展成為相對獨立的產(chǎn)業(yè)創(chuàng)造了條件。

　　４、高效的組織網(wǎng)絡系統(tǒng)。為了將分散的農(nóng)戶和企業(yè)組織發(fā)動起采進入綠色食品的管理和開發(fā)序列，中國綠色食品發(fā)展中心構建了三個組織管理系統(tǒng)，并形成了高效的網(wǎng)絡：一是在全國各地委托了分支管理機構，協(xié)助和配合中國綠色食品發(fā)展中心開展綠色食品宣傳、發(fā)動、指導、管理、服務工作；二是委托全國各地有省級計量認證資格的環(huán)境監(jiān)測機構負責綠色食品產(chǎn)地環(huán)境監(jiān)測與評價；三是委托區(qū)域性的食品質(zhì)量監(jiān)測機構負責綠色食品產(chǎn)品質(zhì)量監(jiān)測。綠色食品組織網(wǎng)絡建設采取委托授權的方式，并使管理系統(tǒng)與監(jiān)測系統(tǒng)分離，這樣不僅保證了綠色食品監(jiān)督工作的公正性，而且也增加了整個綠色食品開發(fā)管理體系的科學性。